Asa cum precizam in textul referitor la locuirea romana, sapaturile arheologice de la Noviodunum au fost initiate in 1953 de un colectiv condus de Ion Barnea, care a fost secondat de Bucur Mitrea, N. Anghelescu, in primele campanii si de Al. Barnea in urmatorele. Cercetarile arheologice din perioadele sus mentionate, au vizat incinta nordica, care se afla intr-un continuu proces de distrugere, datorat actiunii apelor Dunarii.

Colectivul de cercetare de la Noviodunum a efectuat in anii 1964, 1967, 1970, 1971 si 1973, o serie de sondaje pe incinta de est. De asemenea, in 1973 au fost efectuate cercetari si pe incinta de sud.

In anul 1990, F. Topoleanu si Gh. Manucu –Adamesteanu au realizat o serie de sapaturi in asezarea civila din apropierea cetatii. Cu aceasta ocazie a fost identificata existenta unui nucleu de locuire din secolul al XIII-lea, ce suprapune o necropola, ce a functionat in secolele XII-XIII si mai multe niveluri de locuire din secolul al XI-lea, care la randul sau suprapune coplexele de epoca romano-bizantina.

Cu exceptia catorva rapoarte, rezultatele sondajelor si cercetarilor arheologice au fost partial publicate.

De aceea, informatiile si datele culese, se dovedesc inconsistente si fara pretentia de a lamuri importante aspecte din istoria unuia dintre cele mai importante puncte strategice si economice din zona gurilor Dunarii.

In anul 1995, Institutul de Cercetari Eco-Muzeale Tulcea a inscris in programul de cercetare, reluarea sapaturilor arheologice de la Noviodunum.

Cercetarea asezarii civile din epoca medie- bizantina, a fost initiata in 1990 si a fost continuata prin cele doua sectiuni magistrale in anii 1995-1997 si 2003.

Complexele, materialul arheologic recoltat, in special monedele, par sa indice ca locuirea din zona extra muros sa se fi reluat la sfarsitul secolului al X-lea in acelasi moment cu locuirea din cetate.

Investigatiile arheologice au relevant existenta unei asezari deosebit de infloritoare in secolul al XI-lea, marcata de distrugerile populatiilor migratoare: pecenegi, uzi si cumani. Se pare ca in urma atacului cumanilor din 1095, locuirea extra muros inceteza, zona fiind ocupata de o necropola plana de inhumatie, unde s-au practicat inmormantari in secolul al XII-lea si inceputul secolului al XIII-lea. Locuirea in zona este reluata in primele decenii ale secolului al XIII-lea, dar nu pentru o perioada lunga de timp, datorita distrugerile provocate de tatari in 1242. Totusi, cercetarile arheologice din 2003 ne aduc argumente noi, ca asezarea civila a continuat sa fie locuita si dupa 1242, pana la cucerirea otomana de la inceputul secolului al XV-lea.

Incepand cu anul 1997, cercetarile s-au concentrat asupra incintei de sud si a zonei intra muros. Descoperirile prilejuite de aceste cercetari, au evidentiat o depunere consistenta din secolele X-XV, depasind pe alocuri 2-3m grosime, locuirea romana fiind surprinsa in cateva puncte Turnul Mare, Turnul de Colt si Turnul A, unde s-au descoperit mai multe monede si tezaure monetare, dar si o cantitate foarte mare de ceramica si obiecte caracteristice acestei epoci.

In cetate si in asezarea civila, au fost decoperite mii de monede, un numar mare de sigilii, obiecte de podoaba si de cult, arme, piese de harnasament, unelte, ceramica locala si de import ce impresioneaza prin cantitate, calitate si varietatea formelor. Se mai pot adauga la aceste marturii numarul mare de monede, sigilii si obiecte, ce provin din descoperiri fortuite din zona cetatii Noviodunum.

Toate aceste descoperiri, contureaza imaginea unei asezari cu caracter urban, fortificate, a carei importanta o detaseaza net, din toate punctele de vedere, de celelalte centre dobrogene din secolele X-XV.