Cetatea Noviodunum este situată în punctul „Pontonul Vechi” sau „Eski Kale” (în limba turca Cetatea Veche), la aproximativ 2 km de orașul Isaccea, pe un promontoriu, în dreptul milei 65, în apropierea unuia dintre cele mai importante vaduri ale Dunarii, de pe cursul sau inferior.

Localitatea Isaccea, în fapt un mic orașel dobrogean, se înalță pe coline, pe malul drept al Dunării, la circa 35 km. nord-vest de municipiul Tulcea.
Orașul este strabatut de E87 si DN22, Tulcea – Galati/Braila, care asigură conexiunile cu municipiul și alte localități din țara. Legăturile cu județele Galați, Brăila și alte localități din țară se face prin punctele de trecere cu bacurile peste Dunare, în punctele I. C. Bratianu și Smârdan.