Primele cercetari arheologice au demarat in 1953 printr-un sondaj efectuat de colectivul de la Dinogetia, condus de prof. Gh. Stefan. Scopul urmarit era acela al identificãrii asezarii medievale. In 1955 un colectiv alcatuit din I. Barnea (responsabil), Bucur Mitrea si N. Angelescu de la Muzeul National de Antichitati Bucuresti, realiza prima sapatura de salvare de-a lungul plajei inundabile a Dunarii, la ruinele instalatiilor portului din epoca romana de la cetatea Noviodunum. Colectivul a mai efectuat in anii 1964, 1967, 1970 si 1971, au fost efectuate sondaje pe latura de est, sud si vest.

Cercetarile arheologice de la cetatea Noviodunum, contureaza imaginea unei asezari fortificate cu caracter urban, a carei importanta o detaseaza net, din toate punctele de vedere, de celelalte centre dobrogene din secolele X-XIV.

In anul 1995, Institutul de Cercetari Eco-Muzeale Tulcea a inscris in programul de cercetare, reluarea sapaturilor arheologice de la Noviodunum. Cercetarea arheologica desfasurata prin proiectul Noviodunum 2000, initiat de Victor H. Baumann, urmarea in prima faza, raportul dintre asezarea civila delimitata de valurile de pamant si cetate, precum si degajarea unor segmente din incinta de sud si din edificiile intramuros. In a doua etapa, programul urmeaza sa fie continuat de restaurarea si punerea in valoare a edificiilor, a zidurilor descoperite si includerea sitului de la Noviodunum in circuitul turistic.

Necropola tumulara a cetatii a fost cercetata de Gavrila Simion de la Muzeul de Istorie si Arheologie Tulcea, între 1958 si 1992. Pana in prezent au fost cercetate 30 de movile, reprezentand jumatate din numarul celor existente. Informatiile desprinse din cercetarea necropolei se refera la perioada cuprinsa intre sfarsitul secolului I si sfarsitul secolului II p. Chr. si scot in evidenta riturile si ritualurile funerare practicate la Noviodunum in epoca romana timpurie.

Cetatea Noviodunum este situata in punctul „Pontonul Vechi” sau „Eski Kale” (in limba turca Cetatea Veche), la aproximativ 2 km de orasul Isaccea, pe un promontoriu, in apropierea unuia dintre cele mai importante vaduri ale Dunarii, de pe cursul sau inferior.

Datorita pozitiei sale geografice, Noviodunum a avut un important rol strategic si economic inaintea venirii romanilor, care s-a accentuat in perioada romana, romano-bizantina, medie-bizantina si in evul-mediu.